يهدف المركز الى تحقيق الاهداف العامة و الخاصة و ذلك عن طريق زيادة الكفاءة للاجهزة العاملة فى حالات الاعاقة و مشكلاتها و القيام ببرامج استعراضية ووقائية و علاجية للمعوقين و اسرهم و تتلخص اهداف المركز فيما يلى :
التعرف على حجم مشكلة اعاقات الطفولة فى المجتمع
تصنيف مسببات الاعاقة ( طبيا – اجتماعيا – سلوكيا )
التعرف على وسائل الاكتشاف المبكر للاعاقة
اعداد برامج وقائية و علاجية للاطفال المعوقين و اسرهم
تجسيد التكامل بين جامعة الازهر ووزارات التعليم و الشئون الاجتماعية و الصحية
اصدار مجلة علمية محكمة تحمل اسم المركز لنشر البحوث و الدراسات فى مجال الاعاقة
عقد الدورات التدريبية و الاجتماعات و محاضر و مؤتمرات عامة فى شئون الاعاقة