تم تأسيس كلية العلوم جامعة الأزهر فرع أسيوط بقرار رئيس الوزراء رقم 1203 لسنة 1982. بدأت الدراسة بالكلية عام 1989بعدد 54 طالباً فى شعبة واحدة (الكيمياء-فيزياء) ويبلغ عدد الطلاب حالياً ما يقرب من 2000 طالباً فى شعب مختلفة ويعمل بالكلية عدد 112 من أعضاء هيئة التدريس وعدد 129 من المدرسين المساعدين والمعيدين. حيث ضمت الكلية ستة أقسام أكاديمية هي الكيمياء - الفيزياء - الرياضيات - النبات والميكروبيولوجي- علم الحيوان وعلوم البحار - الجيولوجيا.
مدة الدراسة بالكلية أربع سنوات وتمنح الكلية درجة البكالوريوس في العلوم في تخصص كيمياء خاصة - فيزياء خاص- رياضة خاصة - نبات خاص - علم الحيوان خاص - بحار وأسماك – ميكروبيولوجى - جيولوجيا، كما تمنح الكلية درجة الماجستير في تخصص الكيمياء - الفيزياء - الرياضيات - النبات - علم الحيوان - الجيولوجيا، كما تمنح الكلية درجة الدكتوراه في تخصص الكيمياء - الفيزياء - الرياضيات - النبات - علم الحيوان - الجيولوجيا والكلية بصدد وضع خطط للدراسات العليا في الأقسام الأخرى حالياً.
ويوجد بالكلية عدد من المعامل العلمية المجهزة بأحدث الأجهزة البحثية والتدريسية كما يوجد استراحة لأعضاء هيئة التدريس وتهدف الكلية إلى إعداد خريجين مؤهلين في العلوم الأساسية تأهيلاً عالياً للعمل في القطاعين العام والخاص. والاهتمام بالدراسات العليا وتشجيع البحث العلمي.
و تقوم الكلية بتدريس العلوم الأساسية لكافة طلبة الجامعة، كما تقدم الاستشارات الأكاديمية والعلمية والبحوث العلمية المبتكرة.
وارسلت الكلية العديد من ابنائها فى بعثات خارجية و مهمات علمية للحصول على الدرجات العلمية المختلقة من دول متقدمة اثرت بشكل واضح فى المستوى الاكاديمى للكلية و حصل العديد من ابناء الكلية على جوائز تميز و تقدير من الدولة