يشترط في المتقدم للقيد لدرجة التخصص (الماجستير) في العلوم أن يكون حاصلاً على درجة الإجازة العالية (البكالوريوس) من جامعة الأزهر أو على بكالوريوس العلـــــوم من إحدى جامعات جمهورية مصر العربية أو على درجــــة معادلة لها معترف بهـــا من الجامعـــــة وذلك بتقدير عام (جيد) على الأقل ويمكن للقسم المختص أن يطلب شروطاً خاصة في بداية كل عام دراسي أو يطلب ممن لم يستــــــوف شروط التقدم تأدية الإمتحانات بنجاح في مواد يعينها مجلس القسم المختص من مرحلة الإجازة العالية. ويجوز بعد موافقة مجلس القسم المختص القيد لدرجة التخصص (الماجستير) من بين الطلاب الحاصلين على تقدير عام مقبول في درجة البكالوريوس بشرط حصولهم على دبلوم التخصص بالتقديـــــر الذي يحــــدده مجلس الكليــــة المختص عند بداية كل سنة دراسية وبحيث لا يقل التقدير العام عن جيد.
على الطالـب الحاصـل على درجة (البكالوريوس) في العلوم من غير جامعة الأزهر الذي يتقدم لنيل دبلــوم الدراسات العليا أو لنيل إحدى الدرجات العلمية التخصص أو العالمية (الماجستير أو دكتوراه الفلسفة في العلوم) أو دكتوراه العلوم أن ينجح في الدراسات الإسلامية طبقاً للنظام الذي يقره مجلس الجامعة ويعفي من هذا الشرط من سبق له أن أدى بنجاح إمتحانات الدراسات الإسلامية على نفس المستوى.
يكون التسجيل لدرجة التخصص (الماجستير) في شهري مارس وأكتوبر من كل عام بعد النجاح في تمهيدى ماجستير في التخصص المطلوب بناءاً على إقتراح مجلس القسم المختص قبل التسجيل لدرجة الماجستير.
المدة اللازمة للحصول على درجة التخصص (الماجستير) لا تقل عن سنة ميلادية من تاريخ التسجيل.
لمجلس الكلية بناء على توصية مجلس القسم المختص أن يرخص للطالب بمتابعة الدراسة أو البحث في جامعة أخرى أو في معهد آخر أو في منشأة علمية أو صناعية وأن يشترك في الإشراف أحد القائمين بالعمل في تلك الجهات ممن تتوافر فيهم المؤهلات الأكاديمية للإشراف على البحث.
يلغى تسجيـــل الطالب إذا لم يحصل على درجة التخصص (الماجستير) في مدى خمس سنوات من تاريخ التسجيل ولمجلس الكلية بناء على إقتراح مجلس القسم أن يرخص بإمتداد التسجيل سنة واحدة وأخيـرة بناء على تقرير الأستاذ المشرف.
يقوم الطالب بتقديم سيمنار في القسم المختص لبيان مدى تقدم رسالته ويحضره أعضاء القسم وذلك قبل تشكيل لجنة الحكم والمناقشة للإحاطة بمدى تقدم الطالب وما تـــــم إنجازه.
يقدم الأستاذ المشرف إلى مجلس القسم سنويـاً تقريراً عن مدى تقدم الطالب في دراسته وصلاحيته لمتابعة البحث ولمجلس الكلية بناء على إقتراح الأستاذ المشرف وتوصية مجلس القسم أن يلغى تسجيل الطالب إذا تبين عدم جديته لمتابعة البحث مع تقديم تقرير علمي مفصل عن ذلك.
يلتزم طالب الماجستير بنشر بحث على الأقل فى مجلة علمية متخصصة ولا تشكل لجنة الحكم على الرسالة إلا باستيفاء هذا الشرط.
يقوم مجلس الكلية بناء على إقتــــراح مجلس القسم المختص باقتراح تشكيل لجنة الحكم على رسالة التخصص (الماجستير) ممثلة بصوت واحد من لجنة الإشراف ومن عضويـــن آخرين في فرع التخصص أحدهما على الأقل من خارج الجامعة وتجرى مناقشة علنية للطالب أمام لجنة الحكم. ولمجلس الكلية بنـــــــاء على إقتراح لجنــــــة الحكم على الرسالة وموافقة مجلس القسم أن يرخص للطالب الذي لم تتقرر أهليته لنيــل لدرجة التخصص (الماجستير) في إعادة تقديم رسالته بعد إستكمال أوجه النقص فيها أو تقديم رسالة أخرى.
لا تعطى تقديرات للنجاح في درجة التخصص (الماجستير).