بدأت الكلية كأحد أقسام كلية الهندسة بجامعة الأزهر تحت إسم قسم العلوم الأساسية، حيث بدأ عام 1964 وشمل القسم حينها أساتذة فى تخصصات الكيمياء والفيزياء والرياضيات وبدأ مؤسسوا القسم فى إرسال البعثات لمختلف الدول لإعداد الكوادر اللازمة لإنشاء كلية العلوم وافتتاحها بعد إكتمال تخصصاتها.