كلية العلوم بجامعة الأزهر تمنح درجات الإجازة العليا (البكالوريوس) والماجستير والدكتوراه إضافة إلى الدبلومات المتخصصة في العلوم الأساسية، لذا فالدراسة فيها تعتمد على الدراسة العملية بجانب الدراسة النظرية ويجوز لكل قسم أن يعد نظاما للتدريب الحقلي لطلاب الفرقتين الثالثة والرابعة داخل الكلية أو خارجها وينفذ تحت إشراف أعضاء هيئة التدريس في القسم المختص بنسبة 50% من درجة أعمال السنة في المقررات التي يحددها مجلس القسم المختص واعتماد مجلس الكلية. أما قسم الجيولوجيا فتشمل أعمال السنة لطلاب الفرق المختلفة لجميع البرامج التدريب الحقلي بنسبة 50% من أعمال السنة وذلك طبقا لما يقرره مجلس القسم في هذا الخصوص واعتماد مجلس الكلية.
مدة الدراسة بالكلية للحصول على درجة الإجازة العليا (البكالوريوس) في العلوم أربع سنوات على نظام الفصلين الدراسيين.
تتيح الكلية عدد كبير من البرامج الأكاديمية بهدف توسيع القاعدة المهنية لخريجيها وبما يتفق مع ميولهم ورغباتهم
تحقيقا لرؤية جامعة الأزهر ورسالتها القائمة على التكامل بين العلوم وتقديم رسالة الإسلام القائمة على الوسطية والاعتدال والداعية إلى التواصل بين الحضارات، فإن كلية العلوم جامعة الأزهر تدعم طلابها لأن يكونوا ملمين بأصول الدعوة الإسلامية وقادرين على نشر التراث الإسلامي والتصدي للقضايا المعاصرة من خلال المقررات الدينية اللازمة لذلك كالقرآن الكريم والتفسير والحديث الشريف والفقه الإسلامي والعقائد والأخلاق والسيرة النبوية وتاريخ الخلفاء الراشدين.
تحقيقا لرسالة جامعة الأزهر والتي تنص على النهضة بدور الجامعة في مجال خدمة المجتمع وتنمية البيئة فإن كلية العلوم جامعة الأزهر تقرر على طلاب الفرقة الثالثة من جميع الشعب وبجميع برامجها الأكاديمية مقرر “دراسات وقضايا بيئية” بواقع ساعة واحدة نظرية أسبوعيا في الفصل الدراسي الثاني ويمتحن الطالب فيها تحريريا ومدة الامتحان ساعتين بنهاية عظمى 100 درجة تضاف للمجموع الكلى وتطبق عليها قواعد المقررات المتخصصة.
تبين لائحة الكلية وتوصيف البرامج الأكاديمية المقررات الدراسية للسنوات المختلفة، إضافة إلى عدد المحاضرات والتمارين النظرية والدروس العملية والتطبيقية والشفهية لكل مقرر وعدد الساعات المخصصة لكل منها، وعدد ساعات الامتحانات التحريرية والعملية.
تتبنى الكلية المعايير القياسية القومية للعلوم الأساسية بموافقة مجلس الكلية رقم 617 و المنعقد في السابع من سبتمبر 2008 وذلك بعد وضعها من قبل الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد وإعلانها في مؤتمرها الأول 21 – 22 يونيو 2008 ومناقشتها مع مجالس الأقسام الأكاديمية بالكلية.