تصدر جامعة الأزهر في التقييم الأفريقي للجامعات الأفريقية ضمن فعاليات المؤتمر الدولي لتوحيد ضمان جودة مؤسيات التعليم العالي بافريقيا المنعقد بدولة السنغال في الفترة ٣-٤ ديسمبر ٢٠١٨ والذي يعقده الاتحاد الاروبي والاتحاد الافريقي في اطار الشراكة الاستراتيجية بينهما في مجال التعليم العالي تم اصدار نتيجة التصنيف الافريقي للجامعات والذي تم خلال عام ٢٠١٧ على ١٥ جامعة افريقية تمثل كل الاقاليم الجغرافية الخمس بالقارة، والذي يشير لتصدر جامعة الأزهر المرتبة الأولى وحصولها على أعلى تقييم. جدير بالذكر ان هذا التقييم تم من خلال زيارة وفد من الخبراء الدوليين الاروبيين والافارقة للمؤسسات محل التقييم، حيث تم تقييم الجامعات على المستوى المؤسسي للجامعة ككل بالاضافة إلى تقييم أحد برامجها التعليمية. تناول تقييم المؤسسي على ستة معايير هي؛الحوكمة، البنية التحتية، الموارد المالية، التعليم والتعلم، البحث العلمي والنشر الدولي، خدمة المجتمع.
اما على المستوى البرامجي فقد تم التقدم ببرنامج الطب والذي تقدمه الجامعة من خلال ٤ كليات وتضمن التقييم خمس معايير هي؛ تخطيط وإدارة البرنامج، تطوير المناهج، التعليم والتعلم، تقويم الطلاب،نتائج البرنامج.
وقد تم تقييم جامعة الأزهر في ضوء تلك المعايير حيث احتلت المركز الأول سواء في في التقييم المؤسسي و البرامجي. وتم الاعداد لذلك التصنيف تحت إشراف مكتب التميز الدولي والذي يضم منسقا من كل كليات الجامعة.