تم انشاء كلية طب بنين الأزهر بالقاهرة بمقتضي القانون رقم 103 الصادر في 5/7/1961 م بشأن اعادة تنظيم الأزهر والهيئات التي يشملها
وقد تم وضع حجر الأساس للكلية بمدينة نصر عام 1963 م. وفي عام 1964 م استقبلت الكلية الطلاب الناجحين في الثانوية الأزهرية بالاضافة الي طلاب الثانوية العامة الناجحين في السنة التأهيلية بمعهد الاعداد والتوجيه لمدة سنة, واستقبلتهم للدراسة بالفرقة الاعدادية بكلية علوم الأزهر لمدة سنة، ثم بالفرقة الأولي عام 1965 م للدراسة بكلية الطب ولمدة 5 سنوات لتتخرج أول دفعة عام 1970م
بدأ القسم كوحدة تابعة لقسم الجراحة العامة بمستشفى الحسين الجامعي بالدراسة سنة 1985 برئاسة الاستاذ الدكتور أحمد رفعت المنسي وكان رئيس وحدة جراحة القلب والصدر الأستاذ الدكتور سمير المحمودي واستمر رئيسا للوحدة حتى سنة 2000.