يتطلع قسم الأحياء الدقيقة و المناعة بكلية الطب – جامعة الأزهر إلي أن يكون مركزا رائدا في تخريج الأطباء ذوي المهارات التقنية و البحثية في مجال العدوي و المناعة في المنشآت الصحية و المجتمع, و يأمل القسم في التعاون مع الهيئات الصحية في مصر و الدول العربية والإسلامية في حل المشكلات الصحية.
تقوم رسالة قسم الأحياء الدقيقة و المناعة بكلية الطب – جامعة الأزهر علي إعداد خريجين مدربين بالمهارات الإدارية و التقنية في مجال الأحياء الدقيقة و المناعة و لديهم القدرة علي نشر الثقافة الصحية و المشاركة في منع و مكافحة العدوي في المنشآت الصحية و المجتمع . كما يلتزم القسم بمراعاة القيم و المبادئ الإسلامية عند إجراء الأبحاث العلمية