أنشأت كلية الطب (للبنات) كواحدة من كليات العلوم التطبيقية بجامعة الأزهر الشريف طبقا للقانون (103) الصادر في مايو 1961، والذى ينص على إعادة تنظيم الأزهر ومؤسساته .
وضع حجر الأساس لإنشاء كلية الطب (للبنات) في عام 1964 عندما أصدر مجلس الجامعة قرارا بإنشاء قسم لدراسة الطب والجراحة، وكان تابعا لكلية للبنات، وكان المسؤول عن تدريس العلوم الطبية المصرية وفقا لنظام التعليم الطبي. وتشمل هذه المسؤولية تدريس العلوم الطبية ، والقيام بالأبحاث العلمية في مجالات التشخيص والعلاج والطب الوقائي ، وتعليم العلوم الإسلامية والحفاظ على القيم الإسلامية.
في عام 1965 بدأ الدراسة بالكلية وأعقب ذلك إنشاء الأقسام الأكاديمية ، حيث أنه في عام 1969 كانت الدراسة الأكاديمية في معامل الكلية ، وكانت الدراسة العملية في مستشفى منشية البكري بعد الاتفاق مع وزارة الصحة.
بدأت الدراسات العليا في جميع الإدارات التابعة للكلية في عام 1971.
في عام 1979، وفقا للقرار الجمهوري رقم 116 لسنة 1979 تم تحويل القسم الى كلية مستقلة والتي شهدت استمراراً في التوسع والتقدم في جميع إداراتها طوال السنوات التالية وحتى الآن.
في عام 1983 ، تمكنت كلية الطب من إنشاء مستشفى تعليمي وأطلق عليها " مستشفى الزهراء الجامعى ".