انفصلت كلية التجارة عن كلية البنات الاسلامية حديثاً فقد كانت شعبة منها والآن أصبحت كلية قائمة بذاتها، لها الشعب الخاصة بها وذلك منذ بدايات عام 2016بقرار مجلس الوزراء. حيث أصدر سيادته قراراً برقم (1332) لسنة 2016م، (60) لسنة 2017  بتحويل شعبة التجارة بكلية البنات الإسلامية فرع جامعة الأزهر بأسيوط إلى كلية التجارة بنات بفرع الجامعة باسيوط.

وتم تقسيمها إلى قسم المحاسبة والاقتصاد والإدارة والإحصاء والتأمين بالإضافة إلى الشعبة الانجليزية.

وما تم تفعيله الآن وفقاً لانها منشأة حديثاً هو الشعبة الانجليزية وقسم الإدارة فضلاً عن قسم المحاسبة الذي كان قائماً بالفعل قبل انفصال كلية التجارة من كلية البنات الاسلامية. وبعد ان يكتمل اعضاء هيئة تدريسها يتم تفعيل باقي الأقسام بإذن الله تعالى.

والشهادة التي تحصل عليها الطالبات هو بكالوريوس التجارة تخصص محاسبة أو إدارة أعمال من الكلية أوبكالوريوس التجارة شعبة اللغة الانجليزية.